As áreas de interesse em ensino e pesquisa do Prof. José Guilherme Santos da Silva englobam o estudo do comportamento estrutural estático e dinâmico, análise, projeto e dimensionamento de sistemas estruturais de aço, concreto e mistos (aço-concreto). O pesquisador possui experiência na área de Engenharia Civil, com ênfase em Estruturas, atuando principalmente nos seguintes temas: análise dinâmica de estruturas, vibrações estruturais, estruturas de aço, concreto e mistas (aço-concreto), controle de vibrações, análise de conforto humano, modelagem computacional e monitoração experimental dinâmica de estruturas.